日前知情人士爆料幾所大學短報今年大學分發入學的招生缺額，致考生權益受損。教育部追查後發現，中國文化大學、真理大學、佛光大學及大葉大學都有短報情形，未回流名額共870個。其中曾任高教司長的佛光大學校長何卓飛，更是「知法犯法」，對此他回應，已向董事會請辭以示負責。
經教育部查證，的確有大學名額未確實回流，包含真理大學432名、佛光大學276名、文化大學93名及大葉大學69名。教育部強調，招生事務及名額屬重大事項，各校應落實執行，對113學年度繁星推薦及申請入學招生缺額未回流的大學，已去函糾正，後續將依法調減該校招生名額比率、扣減獎補助款，並嚴懲相關人員。
被踢爆短報缺額後，佛光大學8月23日說明，學校因應少子化轉型為小而美的綜合型大學，另配合校務改革、系所調整，採行逐年降低招生人數之策略。佛光大學稱，辦大學本就不是易事，如何在招生困境中做出不一樣的大學是全校該面對的關卡，期望在全體教職員及董事會支持下做出特色辦學。
高等教育產業工會理事長周平指出，何卓飛是被教團點名的「私校門神」代表之一，曾是管理高教事務主管的他卻「親身示範取巧，知法犯法，犯下最不該犯的錯誤」。不過，這起爭議起因是教育部對少子化衝擊高教沒有應對解方，周平也藉機喊話教育部從根本讓學校改善師生比，落實小班制，降低私校的招生壓力。
何卓飛於4日晚間回應爭議，目前學校已於期限內向教育部回覆檢討報告。他說短報招生缺額源於對招生程序的誤解，也坦承確實有為法規。何卓飛強調佛光絕對「正派辦學」，自己已向董事會請辭負責，副校長藍順德與招生長王宏升也被處分調職。何卓飛請辭若通過，將成為真理大學前校長陳奇銘之後，第二位因此案下台的校長。
據《聯合新聞網》報導，一名私校知情人士表示，許多學校已著手規劃隔年招生，某些科系年初就被學校提報裁撤或合併，因此今年才出現看「繁星推薦」、「申請入學」狀況不佳，乾脆就先藏匿名額，提前下架科系的情況。知情人士也提到，短報的學校一開始還自認找到妙計，某些學校高層還四處宣揚，有人氣不過才把事情抖出來。