民進黨政府為推動台美貿易協定（ART）而犧牲食品安全，放寬美國進口加工馬鈴薯檢疫規定，發芽馬鈴薯不再整批退運，而是送至指定加工廠進行選別後再使用，雖農業部、民進黨強調是比照「日本標準」，甚至「比日本嚴格」，但面對7月就要進口台灣，把關流程及指定加工廠的SOP都未說明清楚，已經引發國人恐慌。
農業部防檢署今年2月公告實施「美國產加工用馬鈴薯輸入檢疫條件」，行政院強調此做法與日本相同，農業部和衛福部有雙重把關機制，不會讓不合格、有毒的馬鈴薯進入市場。
發言人李慧芝說明，農業部若在邊境發現疑似發芽情形，會要求業者提出改善措施，包括整櫃退運、銷毀或將該批馬鈴薯封籤後直接送到配合檢疫的指定區域，在防檢署監督下，由業者逐批、逐櫃、逐顆選別檢查，將發芽、發霉或腐爛的馬鈴薯整顆棄置銷毀，不會進入加工程序也不會流入市場，挑揀過程仍是邊境檢疫程序的一環。
若農業部檢疫時發現有發芽問題的整批馬鈴薯，在農業部監督業者剔除發芽的整顆馬鈴薯後，將再由衛生單位執行抽樣檢驗龍葵鹼等，檢驗不符合規定就將整批銷毀。
日本SOP明確完整 我國配套卻說不清楚
然而，藍委邱鎮軍指出，日本對生鮮馬鈴薯進口採取「近乎鎖國」的政策，馬鈴薯在出口國上船前，身分就已經被定死為「加工專用（Chipping Potato）」，法律上嚴禁進入鮮食市場，抵達港口後，會立即進行檢疫並加貼封條，隨後像押解犯人般，由專車直接運往指定的港口加工廠。
邱鎮軍表示，在整個運輸過程中，這些馬鈴薯與日本本土的農業環境及零售市場完全隔離。一旦進入工廠，篩選標準是只要芽長超過0.5公分，馬鈴薯就會整個丟掉，最關鍵的是，這些被丟掉的還有不要的皮屑必須在工廠裡立即進行焚化或特定的高溫處置，從源頭徹底確保病蟲害與龍葵鹼毒素「零擴散」至外界。
邱鎮軍質疑，相較於日本公開透明到連指定工廠的焚化設備都列入標準，農業部與衛福部連後續配套都說不清楚，誰能保證在漫長的運送途中，這批發芽馬鈴薯不會「不小心」掉包幾箱，變身成你家巷口的早餐店原料？那些含有劇毒龍葵鹼的發芽廢料，政府更是連提都不敢提，日本是強制進焚化爐，我們則是在完全沒有透明SOP的情況下，眼睜睜看著這些毒素流向未知，是燒掉了，還是偷偷化作春泥、或是拿去餵豬？
王世堅在質詢時也強調，政府稱開放發芽馬鈴薯不必整批退運，是比照日本標準，但日本在後端加工廠把關嚴格，是由政府指定特定級別、特別廠牌加工廠，且要求要有一定的機器設備，像是具備高度色澤、形狀辨識，經篩選後才進入加工程序，那我們有這樣的要求嗎？
食藥署副署長蔡淑貞回應，對於國內的食品加工廠，本身有要求業者本身的設施、設備需符合相關規定，除了落實自主檢驗檢測，若加工廠達一定規模，則要求需有地三方驗證，也有地方、中央的專案稽查。
衛福部長石崇良則表示，發芽不代表龍葵鹼超標，食品安全標準根據龍葵鹼濃度判定，在邊境並不逐顆檢驗，而是採取科學抽驗方式、風險分級；農業部次長胡忠一表示，每個貨櫃約25公噸、包含8萬多顆馬鈴薯。政府並非對每顆馬鈴薯進行逐顆檢查，而是在抽檢發現發芽後，整批馬鈴薯才會進到加工廠進行逐一篩選。
7月美國馬鈴薯進口 把關流程尚未定案
然而被問到責任歸屬時，兩部會官員多次在備詢台「踢皮球」。藍委楊瓊瓔詢問全台多少家加工廠可作為「指定場域」篩選發芽馬鈴薯？胡忠一稱「食品加工廠歸衛福部主管」，而食藥署副署長蔡淑貞回答「國內有二家業者可檢驗龍葵鹼，而非負責剔除發芽馬鈴薯的加工廠」，隨即轉頭對胡忠一低語「檢疫你要回答」。
楊瓊瓔進一步追問政府是否具備足夠人力執行檢查工作，並質疑發芽馬鈴薯的處理機制如何確實把關。胡忠一透露，美國加工馬鈴薯預計今年7月才會開始進貨，已向財政部申請「加工用馬鈴薯」於海關專用獨立號別，近期便會獲准，農業部正與衛福部持續討論把關流程，「很快就會定案」。
胡忠一補充，目前在邊境抽檢方面，每一批會抽檢60%，此抽檢率已遠高於一般5%至10%標準。罰則方面，根據植物防疫檢疫法，可處新台幣3萬元以上15萬元以下罰鍰。至於是否可能做到「逐顆檢驗」？他說，這在配合檢疫的指定加工廠裡面，是做得到，邊境查驗的部分沒有100%。
發芽馬鈴薯究竟能不能吃？石崇良未正面回覆
藍委陳菁徽表示，食藥署衛教文章建議民眾發現馬鈴薯發芽應丟棄勿食用，即使去除芽眼，經高溫烹調也無法避免馬鈴薯龍葵鹼毒性。質問石崇良「發芽馬鈴薯究竟能不能吃？」但多次詢問，石崇良仍未正面回覆，僅表示，龍葵鹼確實加熱也難去除，不過，馬鈴薯發芽與否，與所含龍葵鹼濃度多寡「並無絕對關聯性」。
事實上，行政院副院長鄭麗君1月16日赴華府與美簽署投資合作備忘錄（MOU），1月19回台後隔兩天，農業部預告修正行政命令「美國產加工用馬鈴薯輸入檢疫條件」，並將預告60天縮短為14天，理由是「無影響農業生產環境安全且對民眾權益無實質性影響」，2月6日生效，鄭麗君2月10日率團隊赴美準備簽署台美貿易協定，13日行政院長卓榮泰率領官員開記者會，並喝珍奶慶祝台美貿易協定簽署。