「小三通」啟動滿25周年，陸委會主委邱垂正今天（23日）在金門出席紀念座談會致詞時表示，「小三通」一路走來，已不僅是一項交通安排，而是政府動兩岸和平穩定關係的重要一環，也是帶動金、馬發展的關鍵制度設計。不過，他隨後話鋒一轉，指稱在當前兩岸情勢下，中共持續以軍機、軍艦擾台，並結合多元施壓與統戰作為，使「小三通」的穩定運作已牽動國家安全與民主生活方式。
「 小三通 」是兩岸自2001 年起開始實施的小規模通運模式。主要是開放福建沿海與金門、馬祖地區直接往來 ，逐漸成為國民、台商往返兩岸的捷徑。
邱垂正指出，25年前「小三通」在高度不確定、外界普遍不看好的情況下起步，能穩定走到今天，已證明其不只是單純的往返航線，而是兼顧交流、發展與安全的制度成果。他表示，「小三通」不僅促進兩岸人員往來，也實質支撐金門、馬祖的經濟與社會發展，同時透過安全管理機制，維持必要的秩序與風險控管。
他強調，隨著時代演進，「小三通」早已不再只是交通工具，而是政府在兩岸關係中採取「循序漸進、穩健推動」策略的具體展現，交流、繁榮與安全三者相互牽動，缺一不可。
不過回顧小三通發展歷程時，邱垂正指出，疫情結束後，「小三通」雖逐步恢復運作，但兩岸關係卻同步急遽惡化。中共持續派遣軍機、軍艦擾台，並採取多元、複合式的政治與安全施壓手段，對區域安全與正常交流秩序造成實質衝擊。
他進一步提到，中共同時加大對金門、馬祖地區的融合發展操作，伴隨滲透分化與統戰吸納風險，使「小三通」的穩定開航不再只是交通管理問題，而是直接關係到國家安全、產業發展模式，以及自由民主生活方式能否受到妥善守護。
邱垂正強調，在此敏感而複雜的情勢下，更需要中央與地方政府展現高度共識與協調，「中央地方一條心」，共同確保通航安全與管理韌性，避免交流機制被政治或安全風險所操弄。他稱，未來政府將在確保國安與民主自由的前提下，讓「小三通」能朝向穩健、優質與永續的方向發展。