林口長庚自2000年起推動病歷電子化，2014年獲全台首家醫策會智慧醫院標章，近年因應世界數位潮流，陸續推動包括智慧藥物管理、遠距醫療、視訊門診等數位轉型專案，目前病人到院的前、中、後各個環節均已以數位系統進行串聯，獲2024鼎革獎「年度最佳醫療機構先鋒楷模獎」，院長陳建宗也獲大型機構「年度領袖獎」。
為提升醫療品質及醫療效率，林口長庚自2018年起導入BI面板管理，整合各項資訊，目前共有35個系統，除優化病人的診療過程，更提供高效快速的訊息管理與決策支持，提升醫療決策效率與醫療品質，也加強了跨團隊間的協作。2022年再啟用全台醫界首創的AI智能客服，全天候以文字及語音提供24小時全年無休的雙向便民客服，讓就醫民眾更迅速得到相關資訊，也大幅減輕醫院同仁行政負擔。
另為了加速醫療數據研究及創新研發，林口長庚自2018年起成立AI核心實驗室，目前AI也已經從研究走向實際運用，且專注於發展生成式人工智慧，目前已推出超過40個臨床模型，並完成5項生成式AI專案，也成為台灣第一間以醫療院所名義取得醫療器材查驗登記許可證（TFDA）的醫院。
除了院內研發，林口長庚近年來亦與科技大廠合作，例如與廣達電腦公司合作打造全台第1輛5G救護車，重症病童上車即入院，即時傳輸影像及生理數值，有效確保轉運安全及提升醫療品質。另基於長期與輝達(NVIDIA)的友好合作關係，今年6月輝達除先在官網宣布與長庚醫院的合作關係外，輝達高層亦親自率團前往林口長庚拜訪以開創更嶄新的格局。