超基因公司策略長楊智惠涉嫌竊取三顧公司營業祕密，台北地檢署27日偵查終結並起訴，超基因公司隨即發表聲明強調，堅信楊智惠教授秉持學術倫理及學者風範，司法終將還她清白。
在北檢以違反《營業祕密法》起訴楊智惠後，超基因公司隨即透過「鏡周刊」發表四點聲明如下：
一，有關三顧、樂迦公司惡意指控本公司乙節，檢察官業已認定為不實指控，還本公司清白：本公司自成立以來，始終堅持專業、誠信經營，所有技術均由本公司獨立投資研發，根本不可能，也絕不容許任何侵害他人智慧財產權或營業秘密之情事。針對三顧及樂迦公司惡意指控本公司涉及違反營業秘密，本案自112年6月9日遭調查以來，歷經20個月的嚴格檢驗，檢察官最終認定本公司完全無涉，予以不起訴處分。這不僅是對本公司的清白證明，也證明相關指控毫無根據。
二，本案執行過程所涉違法搜索等諸多疑點，本公司將提供相關資料，配合相關機關調查：本案承辦劉姓調查官於執行本案時，竟違法執行拘提、搜索，此舉已遭法 院認定違法。甚者，劉姓調查官竟在「妨害電腦使用罪」的名義下執行搜索，種種行徑令人懷疑其真正目的並非偵查，而是試圖刺探本公司營業秘密。本公司絕不容忍此等假公務之名、行侵害企業權益之實的不法行為，針對劉姓調查官在本案中涉及的諸多違法情節，檢調單位與監察院均已立案調查，本公司亦將進一步提供事證，配合相關機關追究責任。
三，本公司堅信楊智惠教授秉持學術倫理及學者風範，司法終將還她清白：本案偵辦過程中，劉姓調查官的諸多違法作為已昭然若揭，而法院亦明確認定搜索扣押違法，足見此案從頭到尾充滿瑕疵與爭議。至於檢方起訴楊智惠教授，所涉論文與營業秘密之爭，與本公司全無關聯，然而本公司堅信，楊智惠教授一向秉持學術倫理、擁有學者風範，司法終將還她清白。四，就有關對本公司之不實指控與報導，將依法究責：另有關本案偵辦期間，對本公司所為之誣告、誹謗及重傷商譽之事，以及部分媒體對本案進行不實報導，甚至影射、誇大、扭曲事實，均已嚴重損害本公司商譽，本公司將依法提告，絕不姑息。
在楊智惠因涉嫌竊取前公司（三顧）營業祕密遭起訴後，超基因官網仍保留一篇2024年3月20日的雜誌報導，當時楊智惠出現在報導中的職稱是超基因的策略長。