針對行政院消保會查核發現有關消防安全、餐飲衛生、建物管理、結構安全及治安防護等各項缺失，教育部會協調相關機關督促學校於半年內改善完成。
教育部說明，本次不合格比率較高之項目為餐飲衛生（如垃圾桶未加蓋等），18校中有11校不合格，其次為宿舍及周邊監視錄影紀錄未達1個月，共7校不合格。本次查核被列為不合格的項目，經縣市政府複查均已改善完畢或限期改善中，包括餐飲衛生的缺失問題皆已改善完畢，飲水機問題也已改善完畢。在消防管理部分，除國立臺北大學外（受信總機故障），其他相關缺失問題皆已改善完畢；建管部分，已由轄區建管單位通知學校說明及限期改善中；另外，監視錄影系統影像保存期限未達1個月部分，則已由警政單位通知各校改善中。而消防安全管理、建管、治安防護（監視錄影系統）等須時間改善事項，教育部會持續追蹤，會同相關機關督促學校務必於半年內改善完成。
有關校園安全，教育部會依據99年定頒「各級學校校園災害管理要點」，持續督促大專校院健全校園災害防救體系，強化災害防救功能，以維護校園及學生安全，並將本次查核缺失列為加強宣導重點項目。
此外，教育部88年已訂定「學校餐廳衛生管理檢查表」，92年發布「學校餐廳廚房員生消費合作社衛生管理辦法」，明訂學校辦理餐飲衛生業務，應指定專人擔任督導人員，且應建立餐飲衛生自主管理機制，落實自行檢查管理，並應符合食品衛生管理法第20條第1項所定食品良好衛生規範。教育部將持續透過補助大專校院推動健康促進學校計畫、辦理大專校院學校衛生訪視及辦理大專校院衛生保健組長及餐飲衛生管理工作研習會等相關措施，督導大專校院落實餐飲衛生管理，以確保學校餐飲衛生安全。
為提醒學校定期檢查餐飲衛生及飲用水安全，教育部於101年5月4日已行文各大專校院，依「學校餐廳衛生管理檢查表」及「校園用水設備自我檢查表」，落實餐飲衛生及飲用水自主管理。
至於大葉大學學生宿舍未取得使用執照，教育部已成立跨部會專案小組輔導大葉大學儘速取得學生宿舍使用執照；學校並已訂定目標期程，預計於101年8月20日取得使用執照。另教育部表示，經專案輔導大葉大學釐清未能取得使用執照相關問題，並確認學生宿舍水土保持計畫、建築物結構審查、結構補強和結構安全鑑定都符合安全規定的情況下，已責成大葉大學應依法完成學生宿舍建築圖說等相關文件，洽彰化縣政府辦理審查。
教育部已要求大葉大學立即淨空未取得使用執照之學生宿舍，校方亦承諾未取得使用執照前不會提供任何人住宿使用，並會妥善規劃安排學生住宿配套措施。大葉大學未取得使用執照的學生宿舍計有2棟，其用地非屬教育部核准的校地範圍。該學生宿舍區域因緊鄰校地，學校董事會於84年間違反區域計畫法及山坡地相關法規，擅自開發使用。期間彰化縣政府於87年依違反「山坡地保育利用條例」處罰鍰新臺幣18,000元。教育部則於91年1月30日依內政部法令規定同意大葉大學將本案列入專業輔導合法化案件。
教育部指出，依大葉大學評估全案取得使用執照的程序需完成36個工作項目，目前已完成31項。因為開發計畫的土地屬於山坡地，依法須經環保署、農委會、彰化縣政府等相關單位審查。土地開發許可、雜項許可，以及用地變更編定申請分別歷經七年、兩年半、四年，目前正在辦理土地所有權移轉作業及向彰化縣政府申請學生宿舍建築執照。
自921地震後，為確保學生住宿安全，教育部已要求各級學校逐年改善建築物結構安全，及依「各級學校校園災害管理要點」，強化災害防救功能，以維護校園及學生安全，並就「大專校院餐飲衛生」再次通函各校加強管理。教育部會輔導大葉大學儘速取得學生宿舍使用執照，並要求學校須於取得執照後，方可提供學生住宿使用。此外，教育部於6月29日發函各公私立大專校院，應全面檢視校園內學生宿舍是否取得使用執照，如有尚未取得使用執照之學生宿舍，立即停止使用，以確保學生住宿安全。