學習歷程檔案上路以來爭議不斷，目前實施3年以來有8千人連署盼廢除學習歷程，學者指出學習歷程檔案仍不脫升學導向，曾發生學生興趣理想被教師否定，或學檔製作耗時但效益不佳等狀況，建議教育部應召開全國性學習歷程檔案檢討會議，通盤了解第一線教師、家長想法。
台灣教育研究社舉辦12年國教推動10年成效評估學術研討會，教育部國教署前署長吳清山指出，學習歷程檔案存在性令人質疑，部分大學教授十分忙碌，有可能看這麼多學生檔案嗎？且部分科大實務上完全不看學習歷程，只求收到學生就好，導致科大也不使用學習歷程檔案作為入學依據，高中職學生耗費大量時間準備學習歷程，認為學習歷程檔案應再簡化。
暨南大學教育政策與行政學系教授楊振昇則認為，學習歷程始與升學掛勾情況下，學生依照興趣、努力規畫學習歷程，卻因不一定和升學相關，反遭教師退件。而學習歷程檔案真實性、是否存在城鄉差距等也值得關注，建議教育部召開全國討會議。
教育部表示，學習歷程檔案是學生適性學習軌跡，協助反思學習、釐清生涯定向，非僅作為升學用；教育部每年均辦理學習歷程檔案經驗交流論壇、分享會、說明會等，會持續蒐集意見並適時精進政策措施。