根據媒體報導，墾丁南灣海域面臨嚴重的生態危機，當地海水異常混濁，大量泥沙覆蓋珊瑚，導致海洋生物死亡。潛水業者和教練質疑是核三廠光電工程開挖所致，墾丁國家公園管理處也證實與核三光電廠建設及林保署造林整治工程有關，將派員查察。
根據《Tvbs》報導，當地潛水業者發現墾丁南灣和後壁湖，原本清澈的海水變得混濁不堪，珊瑚被大量泥土覆蓋，就連小丑魚都找不到棲息地，讓潛水教練憂心地表示，帶學生下水時已經沒有太多生物可以觀察，海域變得越來越貧瘠，不少明星生物正在逐漸消失。
一名潛水教練強調，海水能見度急遽下降，主要是因為山上不自然的泥沙沖積而下，導致海洋生態面臨浩劫。當地居民指出，去年開始，核三廠的山坡地被開挖超過50公頃的光電廠，恐怕是因為擋土設施不完善，每當下大雨時，大量泥水就會直接流入海中。
墾管處副處長陳俊山表示，造成南灣海域泥砂明顯增加的原因，判斷應該與核三廠的光電場域設置以及林保署屏東分署進行的銀合歡造林整治有關。墾管處已經函請縣府水土保持機關前往查察。如果發現有不可逆的生態損傷，將依法向相關單位求償。
當地業者憂心，一旦珍貴的海洋資源遭到破壞，不僅是罰款的問題，更可能連帶重創墾丁的觀光產業。《批踢踢實業坊》（PTT）論壇上的網友表示，「光電就是垃圾」、「南部真的發狂似的弄光電」、「光電的山坡害的要核三扛鍋？」、「環保團體去哪了呢？還是顏色對了？」、「結果光電才是最毒的」、「民主大峽谷一直出現」、「不要再搞光電，嚴重破壞環境」、「光電不環保、又沒效率，只有貪汙」、「核電三十年讓海底生物活跳跳，光電一來死了了」。